避孕药可能引起短期不适和长期健康风险，具体危害包括突破性出血、胃肠道反应、血栓风险增加、激素水平波动及代谢影响。避孕药主要分为短效避孕药、紧急避孕药和长效避孕药，不同类型的药物副作用存在差异。
服用避孕药期间可能发生不规则阴道出血，常见于用药初期或漏服时。短效避孕药如屈螺酮炔雌醇片、去氧孕烯炔雌醇片等，可能因激素水平不稳定导致子宫内膜异常脱落。这种现象通常在服药3个月后逐渐减轻，若持续出血超过半年或伴随严重腹痛，需警惕子宫肌瘤等器质性疾病。
避孕药中的雌激素成分可能刺激胃肠黏膜，引发恶心呕吐、食欲减退等症状，紧急避孕药左炔诺孕酮片的反应尤为明显。建议随餐服用或选用复方制剂如炔雌醇环丙孕酮片，可降低刺激。若出现持续腹泻或剧烈呕吐，可能影响药物吸收效率。
含雌激素的避孕药会使凝血因子合成增加，每年静脉血栓发生概率约为3-9例/万人，常见于肥胖、吸烟或携带凝血基因突变者。新型孕激素如屈螺酮（优思明）虽降低风险，但仍需避免与吸烟、长途飞行等高危因素叠加。
长期使用可能干扰下丘脑-垂体-卵巢轴，表现为月经量减少、乳房胀痛或情绪波动。部分女性停药后需要3-6个月恢复自然周期。使用醋酸甲羟孕酮等长效制剂者，可能出现暂时性闭经，通常不引发永久性不育。
避孕药可能引起水钠潴留导致体重增加，或通过胰岛素抵抗影响糖代谢。含第三代孕激素的复方制剂如炔诺孕酮炔雌醚片，对血脂影响较小。建议用药期间定期监测血压、血糖，尤其糖尿病前期患者需谨慎选择避孕方式。
使用避孕药期间应戒烟限酒，避免与利福平、圣约翰草等药物同服。建议每年进行乳腺和宫颈健康检查，40岁以上女性需评估心血管风险。若出现持续性头痛、视物模糊或严重胸痛，应立即停药就医。非激素避孕方式如铜制宫内节育器可作为替代选项。
