藿香正气丸具有解表化湿、理气和中等功效，主要用于治疗外感风寒、内伤湿滞或夏伤暑湿所致的感冒，以及胃肠型感冒引起的头痛昏重、脘腹胀痛、呕吐泄泻等症状。
藿香正气丸中的广藿香、紫苏叶等成分能发散风寒，茯苓、白术则可健脾祛湿，共同缓解恶寒发热、头身困重等表湿症状。对于夏季贪凉饮冷或淋雨受寒后出现的鼻塞流清涕、肢体酸楚，服用此药有助于恢复卫阳之气。
方中陈皮、厚朴、半夏等药材能燥湿化痰、降逆止呕，改善湿浊中阻导致的胃脘痞满、恶心呕吐。对于饮食不节引起的胃肠功能紊乱，如腹胀肠鸣、食欲减退，服药后可促进胃肠蠕动平衡。
针对暑湿季节常见的头晕胸闷、倦怠乏力，药物中的白芷、大腹皮等成分可清暑化湿。临床多用于预防或缓解高温高湿环境下出现的轻微中暑症状，如口渴心烦、四肢酸软。
对于湿邪内蕴引起的非感染性腹泻，该药通过苍术、甘草等成分调节肠道水液代谢，减轻腹痛泄泻。但需注意细菌性痢疾或急性胃肠炎伴发热时，应及时就医配合抗生素治疗。
全方配伍能改善脾失健运导致的舌苔白腻、消化不良。对于慢性胃炎或功能性消化不良患者，可在医生指导下辅助使用，但不宜长期替代针对性治疗。
服用藿香正气丸期间应忌生冷油腻食物，风寒感冒症状加重或出现高热时应停药就医。药物性状发生改变时禁止使用，孕妇及酒精过敏者慎用。日常注意腹部保暖，饮食宜清淡易消化，避免过度劳累与情绪紧张影响脾胃功能。
