藿香正气丸主要有解表化湿、理气和中、止呕止痛等作用，适用于外感风寒、内伤湿滞或夏伤暑湿导致的胃肠型感冒。主要作用包括缓解头痛昏重、胸膈痞闷、脘腹胀痛、呕吐泄泻等症状。
一、解表化湿
藿香正气丸中的藿香、紫苏等成分能发散表邪，帮助驱散体表湿气和寒气，改善因外感风寒引起的恶寒发热、头痛身重等症状。尤其适用于夏季贪凉饮冷或淋雨后出现的畏寒低热，通常用药后2-3天症状可逐步缓解。
二、理气和中
方中白术、陈皮等药材具有健脾行气功效，能调节胃肠蠕动功能，消除因湿浊中阻导致的脘腹胀满、食欲不振。对于饮食不节或水土不服引发的功能性消化不良有较好效果，常见用药3-5天后腹胀频率明显减少。
三、止呕止痛
半夏、厚朴等成分可镇吐镇痛，有效缓解湿浊内阻引起的恶心呕吐及腹痛症状。适用于暴饮暴食后出现的急性胃肠炎反应，或晕车晕船时的呕吐症状，一般用药30分钟后开始起效。
四、抗菌消炎
现代研究表明，方中白芷、茯苓等含有挥发性成分，对金黄色葡萄球菌、大肠杆菌等常见消化道致病菌有抑制作用。对于轻度细菌性肠炎伴发的腹泻腹痛，配合补液治疗能加快恢复。
五、调节免疫
部分研究显示其活性成分可通过调节肠道菌群增强免疫力，在季节交替时服用有助于预防反复感冒。但该作用仍需更多临床验证，不可替代正规免疫调节治疗。
使用藿香正气丸期间应忌食生冷油腻食物，服药3天后症状无改善或出现发热呕吐加重时应及时就医。过敏体质者需注意成分中的半夏可能引发皮疹，孕妇及阴虚火旺者慎用。该药不宜与头孢类抗生素同时服用，建议间隔2小时以上。
