单纯性肾囊肿通常无须药物治疗，目前临床上没有特效药可以使其缩小或消失，治疗主要以定期观察和必要时进行穿刺抽液或手术为主。
单纯性肾囊肿是肾脏常见的良性结构异常，绝大多数生长缓慢且无症状，因此药物治疗并非首选。对于囊肿较小、无压迫症状的患者，核心管理方式是定期通过超声或CT检查监测囊肿大小和形态变化，一般每半年到一年复查一次即可。只有当囊肿体积较大，例如直径超过5厘米，或出现腰腹部胀痛、血尿、高血压、囊肿感染或压迫肾盂导致肾积水等情况时，才需要考虑医疗干预。此时的干预手段并非口服或静脉药物，而是超声引导下经皮肾囊肿穿刺抽液并注入硬化剂，如无水乙醇或聚桂醇注射液，这种方法通过破坏囊肿内壁的上皮细胞，使其不再分泌液体，从而让囊腔闭合。对于囊肿位置复杂、穿刺风险高或反复复发的患者，可能需要采用腹腔镜肾囊肿去顶减压术等外科手术方式。在极少数情况下，若囊肿合并感染，医生会根据病原学结果选用敏感的抗生素进行治疗，例如头孢呋辛酯片、左氧氟沙星片或阿莫西林克拉维酸钾片，但这针对的是感染本身，而非囊肿的消除。因此，单纯性肾囊肿的患者不应自行寻找所谓的“消囊”药物，避免因不当用药增加肾脏负担。
日常生活中，单纯性肾囊肿患者应保持健康的生活方式，避免腰部受到剧烈撞击或挤压，定期进行体检监测囊肿变化。饮食上无须特殊忌口，但建议控制盐分摄入，每日食盐量不超过5克，并保证充足饮水，每日饮水量在1500-2000毫升，以减轻肾脏代谢压力。若出现突发的腰腹部剧痛、发热或肉眼可见的血尿，应及时就医排查囊肿破裂或感染的可能。
