眼药水通常不建议长期使用。多数眼药水为了保持无菌和延长保质期，会添加防腐剂，长期使用可能损伤角膜上皮细胞，破坏泪膜稳定性，反而加重干眼症状。只有在医生明确诊断并开具处方，用于治疗慢性眼部疾病如青光眼时，才可以在医生指导下长期规律使用。
对于大多数日常因视疲劳、干眼症或过敏性结膜炎而使用眼药水的情况，长期使用弊大于利。市面上常见的缓解干眼和视疲劳的眼药水，如玻璃酸钠滴眼液、复方硫酸软骨素滴眼液等，虽然成分相对温和，但若含有防腐剂如苯扎氯铵，长期频繁滴用会破坏眼表微环境，导致角膜点状上皮脱落，眼睛出现异物感、畏光、视力波动等症状。此外，部分眼药水如含盐酸萘甲唑啉等血管收缩剂的去红血丝眼药水，长期使用会产生药物性结膜炎，停药后红血丝反弹更严重。对于过敏性结膜炎患者，若长期使用含糖皮质激素的眼药水如妥布霉素地塞米松滴眼液，可能诱发青光眼、白内障或真菌感染，风险极高。只有在少数情况下，如确诊为慢性开角型青光眼，医生会开具如拉坦前列素滴眼液、马来酸噻吗洛尔滴眼液等降眼压药物，这类药物需要长期规律使用以控制眼压，但也必须定期复查眼压和角膜内皮细胞计数，监测药物副作用。
日常护眼应优先通过改善用眼习惯来实现，如每用眼45分钟远眺5分钟、增加眨眼频率、使用加湿器改善环境湿度。若确实需要辅助缓解干涩，可选择不含防腐剂的单支包装人工泪液，但也不应作为日常习惯长期依赖。任何眼部不适超过一周未缓解，或出现视力下降、眼痛、分泌物增多等症状，应及时前往眼科就诊，遵医嘱用药，切勿自行长期购买眼药水使用。
