治疗慢性肠胃炎没有一种绝对“最好”的药物，治疗方案需根据具体病因和症状来选择，通常包括调节胃肠功能、保护胃黏膜、抑制胃酸分泌、抗感染及改善肠道菌群等药物。建议在医生明确诊断后，遵医嘱用药，不可自行滥用。
1、调节胃肠动力药
慢性肠胃炎患者常出现腹胀、早饱、恶心或腹部不适等症状，这与胃肠动力紊乱有关。调节胃肠动力的药物能帮助改善胃排空和肠道蠕动，缓解上述不适。例如，多潘立酮片可促进胃动力，减少恶心感；莫沙必利片则对全胃肠动力有促进作用。这类药物通常用于症状以腹胀、餐后饱胀为主的患者，但需注意，机械性肠梗阻或消化道出血者禁用。
2、胃黏膜保护剂
胃黏膜屏障受损是慢性肠胃炎的重要病理基础，使用胃黏膜保护剂有助于促进黏膜修复，减轻炎症反应。铝碳酸镁咀嚼片能中和胃酸并覆盖在受损黏膜表面形成保护层，缓解烧心、反酸。硫糖铝片则能与胃蛋白酶结合，抑制其对黏膜的侵袭。这类药物适合伴有胃痛、胃酸过多或胃镜提示有糜烂的患者，但不宜长期大量使用，以免影响磷的吸收。
3、抑酸药物
胃酸分泌过多会加重胃黏膜的损伤，导致慢性胃炎迁延不愈。抑酸药物能有效减少胃酸分泌，为黏膜修复创造良好环境。奥美拉唑肠溶胶囊是临床常用的质子泵抑制剂，适用于胃酸相关症状明显的患者，如反酸、烧心或胃痛。法莫替丁片属于H2受体拮抗剂，抑酸作用稍弱但起效较快。长期使用抑酸药需警惕维生素B12缺乏及肠道菌群失调的风险。
4、抗感染药物
幽门螺杆菌感染是慢性胃炎最常见的病因之一，根除该菌可显著改善炎症并降低复发概率。根除治疗通常采用含铋剂的四联疗法，例如枸橼酸铋钾胶囊联合两种抗生素及一种质子泵抑制剂。阿莫西林胶囊和克拉霉素片是常用抗生素组合，但需确认患者无青霉素过敏史。若患者对克拉霉素耐药，医生可能会更换为甲硝唑片或四环素片。必须严格按疗程服药，不可随意停药。
5、肠道微生态制剂
慢性肠胃炎常伴随肠道菌群失衡，表现为腹泻、便秘或大便性状改变。补充益生菌有助于恢复肠道正常菌群，增强肠道屏障功能。双歧杆菌三联活菌胶囊可补充肠内有益菌，抑制致病菌繁殖，改善腹泻。地衣芽孢杆菌活菌颗粒则能调节肠道微生态，缓解腹胀和消化不良。这类药物一般与抗生素间隔2小时以上服用，以免被灭活，且需冷藏保存以保证活菌活性。
慢性肠胃炎的治疗需要耐心与综合管理，除了遵医嘱用药外，日常饮食应以温和、易消化为原则，避免生冷、辛辣、油腻及过甜的食物，少食多餐，戒烟限酒。注意腹部保暖，避免精神紧张和过度劳累，因为情绪波动也会影响胃肠功能。若症状持续不缓解或出现黑便、体重下降等情况，应及时复诊调整方案。
