磁朱丸不宜与含碘化物、溴化物的药物以及中枢神经抑制剂合用。磁朱丸作为传统中药制剂，其药物相互作用主要涉及三类禁忌配伍。
含碘化物的药物如碘化钾、复方碘溶液等，可能与磁朱丸中的朱砂硫化汞发生化学反应，生成碘化汞沉淀，不仅降低药效，还可能增加毒性风险。含溴化物的镇静类药物如溴化钠、溴化钾，与朱砂联用可能产生溴化汞，对胃肠道黏膜产生刺激作用。
中枢神经抑制剂包括苯巴比妥、地西泮等镇静催眠药，与磁朱丸联用可能增强中枢抑制作用，导致过度镇静。磁朱丸本身具有安神功效，叠加使用可能引发嗜睡、呼吸抑制等不良反应。
特殊情况下，长期服用利尿剂或泻药的患者需谨慎联用，可能影响电解质平衡而加重朱砂的潜在毒性。老年患者、肝肾功能不全者更应避免联合用药。
建议用药前向中医师或药师详细说明正在使用的所有药物，包括处方药、非处方药及保健品。出现心悸、恶心等异常反应时应立即停药就医。
