菊花茶一般不建议用来服药，可能影响药效或增加不良反应风险。菊花茶含有黄酮类、挥发油等成分，可能与部分药物发生相互作用。
菊花茶中的活性成分可能干扰药物代谢酶活性，影响药物吸收或排泄。例如与抗凝药华法林同服可能增强抗凝效果导致出血风险，与降压药联用可能过度降低血压，与镇静类药物合用可能加重中枢抑制。菊花茶偏寒凉性质可能刺激胃肠，加重非甾体抗炎药对胃黏膜的损伤。部分中药如含重金属成分的朱砂安神丸与菊花茶同服可能产生络合反应。
特殊情况下如服用清热解毒类中成药时，医生可能建议用菊花茶送服以增强疗效。但这种情况需严格遵循医嘱，不可自行决定。慢性病患者长期服用免疫抑制剂、抗癫痫药等治疗窗较窄的药物时，更需避免用菊花茶送药。
建议用温开水送服药物以保证疗效和安全性。服药前后2小时内避免饮用菊花茶或其他草本茶饮。若需饮用菊花茶，建议与用药时间间隔4小时以上。老年人、肝肾功能不全者及联合用药种类较多的患者尤需谨慎。出现药物不良反应时应立即停饮菊花茶并及时就医。
