眼药水用久了可能会导致药物性角结膜炎、眼压升高、干眼症加重、眼部菌群失调以及角膜损伤等问题。眼药水种类繁多，不同成分长期使用带来的风险也不同，建议在医生指导下按疗程使用。
长期使用含有防腐剂的眼药水，如苯扎氯铵等成分，会破坏角膜上皮细胞的微环境，导致角膜上皮点状脱落，引起药物性角结膜炎，表现为眼睛发红、畏光、异物感。部分含有糖皮质激素的眼药水，如地塞米松磷酸钠滴眼液，长期使用会抑制房水流出通道功能，导致眼压升高，可能诱发激素性青光眼，对视神经造成不可逆损伤。一些缓解视疲劳的眼药水含有盐酸萘甲唑啉等血管收缩剂，长期频繁使用会使眼部血管产生依赖，停药后血管反射性扩张，导致眼睛充血加重，同时抑制泪液分泌，使干眼症症状恶化。广谱抗生素类眼药水，如氧氟沙星滴眼液，长期使用会抑制眼部正常菌群，导致耐药菌或真菌过度生长，引发继发性眼部感染。此外，部分眼药水中的pH值或渗透压与泪液差异较大，长期滴用会持续刺激角膜和结膜，引起慢性炎症反应，甚至导致角膜上皮糜烂或溃疡。
日常使用眼药水前应仔细阅读说明书，确认不含防腐剂且适应证与自身症状相符。单支包装的无防腐剂眼药水应在开封后24小时内用完。每次滴眼药水前洗净双手，瓶口不要接触睫毛或眼球，避免污染药液。如果连续使用眼药水超过一周症状没有缓解，或者出现眼痛、视力下降等新情况，应及时到眼科就诊，由医生评估是否需要更换药物或调整治疗方案。
