四神丸的主要成分有补骨脂、肉豆蔻、吴茱萸、五味子、大枣。
补骨脂为豆科植物补骨脂的干燥成熟果实，具有温肾助阳、纳气平喘、温脾止泻的功效。其含有的补骨脂素等活性成分可通过调节肠道功能改善脾肾阳虚引起的五更泄泻，常与其他成分协同发挥固涩作用。使用需遵医嘱，阴虚火旺者慎用。
肉豆蔻是肉豆蔻科植物肉豆蔻的干燥种仁，主要含挥发油及木脂素类物质。中医认为其能温中行气、涩肠止泻，针对脾胃虚寒导致的久泻不止有显著效果。现代研究表明其挥发油成分可抑制肠道蠕动过度，但过量可能引起中枢神经兴奋，需严格遵医嘱使用。
吴茱萸来源于芸香科植物吴茱萸的干燥近成熟果实，含吴茱萸碱等生物碱成分。该药材具有散寒止痛、疏肝下气、燥湿止泻作用，在方中可缓解腹部冷痛伴腹泻症状。需注意其辛热之性可能刺激胃肠黏膜，消化道溃疡患者应谨慎使用。
五味子为木兰科植物五味子的干燥成熟果实，富含五味子甲素等木脂素类化合物。其收敛固涩特性可改善肾虚不固所致的遗精滑泄，同时能益气生津以缓解久泻伤津。药理研究显示其对中枢神经有双向调节作用，癫痫患者使用前需咨询医生。
大枣是鼠李科植物枣的干燥成熟果实，含环磷酸腺苷等活性成分。在方中主要起调和诸药、补中益气的辅助作用，能缓解其他药材的刺激性并增强脾胃功能。其高糖含量可能影响血糖水平，糖尿病患者应在医师指导下调整用量。
服用四神丸期间应避免生冷油腻食物，注意腹部保暖，适当进行八段锦等温和运动以增强脾肾功能。若出现口干咽燥、便秘等燥热症状或过敏反应需立即停药就医，长期使用需定期复查肝肾功能。孕妇及实热证患者禁用，儿童用药须严格遵医嘱。
