藿香正气丸主要有解表化湿、理气和中、解暑祛湿等作用，适用于外感风寒、内伤湿滞及夏伤暑湿等证。
藿香正气丸中的藿香、紫苏等成分能发散风寒，化湿解表，适用于外感风寒伴有头身困重、恶寒发热等症状。暑湿感冒、胃肠型感冒也可使用。服药期间应避风保暖，忌食生冷油腻食物。
方中陈皮、厚朴等药物能调理脾胃气机，缓解脘腹胀满、恶心呕吐等消化道症状。对夏季饮食不当或寒湿阻滞导致的消化不良有效。胃肠功能紊乱者建议配合清淡饮食。
该药能清除体内暑湿邪气，改善夏季暑湿引起的头晕胸闷、肢体倦怠等症。高温高湿环境作业者可作预防用药。服用时用温水送服，忌与刺激性食物同服。
对于寒湿型腹泻伴有腹痛症状，藿香正气丸可通过温中止泻机制发挥作用。急性胃肠炎轻症患者可在医生指导下使用。腹泻期间需注意补充电解质。
药物中的半夏、生姜等成分能降逆止呕，缓解晕车晕船或妊娠早期呕吐。呕吐频繁者应少量多次服药，严重脱水时需及时就医。
服用藿香正气丸期间忌食辛辣油腻，孕妇及哺乳期妇女慎用。服药3天后症状无改善或出现发热等症状应停药就医。该药不宜与滋补性中药同服，高血压、心脏病等慢性病患者应在医师指导下使用。服药后适当休息，保持居住环境通风干燥。
