衣原体感染引起的咳嗽通常需要抗生素治疗。有效药物包括大环内酯类、四环素类和喹诺酮类抗生素，具体选择需根据患者年龄、过敏史及药物敏感性决定。
大环内酯类抗生素是治疗衣原体感染的首选药物。阿奇霉素具有半衰期长、用药周期短的特点，适合成人及儿童使用。克拉霉素对呼吸道衣原体感染效果显著，可穿透支气管黏膜达到较高浓度。罗红霉素对衣原体肺炎具有针对性疗效，尤其适用于合并支气管炎的情况。
四环素类抗生素对衣原体有较强抑制作用。多西环素能有效抑制衣原体蛋白质合成，适用于无禁忌症的成人患者。米诺环素在肺组织中的分布浓度较高，对合并支原体混合感染效果较好。使用四环素类药物需注意光敏反应及胃肠道反应等不良反应。
喹诺酮类抗生素可作为替代治疗方案。左氧氟沙星对非典型病原体包括衣原体具有广谱抗菌活性。莫西沙星在呼吸道组织中的药物浓度较高，适合下呼吸道感染的治疗。这类药物需避免用于18岁以下青少年及妊娠期妇女。
衣原体感染引起的咳嗽通常伴有干咳、咽痛等症状，可能持续2-3周。治疗期间应保证充足水分摄入，保持室内空气湿润。若咳嗽持续超过4周或出现高热、胸痛等症状，需及时复查调整治疗方案。所有抗生素使用均需在医生指导下进行，完成规定疗程以防复发。
