藿香正气合剂主要用于解表化湿、理气和中，可缓解外感风寒、内伤湿滞或夏伤暑湿所致的头痛昏重、胸膈痞闷、脘腹胀痛、呕吐泄泻等症状。
藿香正气合剂含广藿香油、紫苏叶油等成分，能发散风寒、芳香化湿。对于夏季贪凉饮冷或淋雨后出现的恶寒发热、头身困重，或梅雨季节湿浊困脾导致的食欲减退、舌苔白腻有改善作用。该功效与方中广藿香挥发油促进胃肠蠕动、抑制肠道致病菌有关。
方中白芷、陈皮等药材具有行气止痛作用，能缓解湿浊中阻引起的脘腹胀满、恶心呕吐。适用于饮食不节或水土不服导致的胃肠功能紊乱，临床观察显示可缩短腹泻持续时间，减轻腹胀频率。
针对暑湿侵袭出现的头晕胸闷、肢体酸沉，其茯苓、白术等成分通过利尿作用加速湿邪排出。高温环境下作业人员提前服用可预防暑湿症状，但不宜替代防暑降温措施。
对于寒湿型急性胃肠炎引起的腹痛水泻，其厚朴、大腹皮等成分能抑制肠道平滑肌痉挛。药理学研究提示该方对福氏痢疾杆菌等常见肠道病原体有抑制作用。
现代研究表明该方能双向调节胃肠运动功能，既改善湿滞型消化不良的胃排空延迟，又可缓解肠易激综合征的肠道亢进。但脾胃阴虚见口干舌红者慎用。
使用藿香正气合剂期间应忌食生冷油腻食物，服药3天后症状未缓解应停用就医。驾驶员等需谨慎操作机械者需注意其含乙醇成分可能影响反应能力，可与医师沟通选择无醇剂型。夏季存放须避光防高温，出现沉淀摇匀后不影响药效。
