服用二十五味珍珠丸时需注意妊娠期禁用、过敏体质慎用，避免与部分药物同服，用药期间忌生冷油腻食物，出现不良反应需及时停药就医。
二十五味珍珠丸含有红花、麝香等活血化瘀成分，可能刺激子宫平滑肌收缩。妊娠期女性服用存在流产风险，哺乳期妇女也应在医师指导下谨慎使用。该药未进行孕妇用药安全性试验，属于藏药明确标注的妊娠禁忌药物。
药物含珍珠、西红花、人工麝香等25味药材，成分复杂易引发过敏反应。过敏体质者首次服用应减半剂量观察，出现皮疹、皮肤瘙痒、呼吸困难等症状需立即停药。对动物蛋白过敏者需特别关注是否含异体蛋白成分。
与抗凝药如华法林钠片合用可能增加出血风险，与镇静催眠药如艾司唑仑片同服会增强中枢抑制作用。慢性病患者需告知医师正在服用的降压药、降糖药等，避免产生药物拮抗或毒性叠加。
服药期间禁食生冷、油腻及辛辣食物，以免影响药物吸收或加重胃肠负担。藏药传统用法要求忌酸腐、陈久食物，建议用药前后2小时保持清淡饮食。酒精会加速药物代谢并增加肝脏负担，应当绝对禁止。
常见反应包括轻度胃肠不适、头晕等，多数可自行缓解。若出现心悸、肢体麻木或尿量明显减少等严重反应，提示可能存在药物毒性反应或个体不耐受情况，须立即停药并监测肝肾功能。长期连续使用超过4周需定期复查。
该药用于中风后遗症等病症时需配合康复训练，保持规律作息和低盐饮食。储藏时应置于阴凉干燥处，防止药材成分氧化失效。老年患者及肝肾功能不全者应从最小剂量开始服用，用药期间密切观察血压、心率变化。建议在藏医或中医师指导下辨证使用，不可自行增减疗程。
