藿香正气合剂主要用于治疗外感风寒、内伤湿滞或暑湿所致的胃肠型感冒，能缓解头痛昏重、胸膈痞闷、脘腹胀痛、呕吐泄泻等症状。
藿香正气合剂中的广藿香、紫苏叶等成分可发散表寒，适用于受凉后出现的恶寒发热、头痛无汗等症状。若伴有鼻塞流涕，可能为风寒感冒合并胃肠功能紊乱。风寒袭表时胃肠蠕动减弱，常伴随食欲减退、轻微腹胀。
该药所含白术、陈皮等能健脾化湿，针对过食生冷或感受湿邪引起的脘腹胀满、恶心反胃等症状。湿阻中焦可能导致大便黏滞不爽，舌苔白腻。部分患者会出现肠鸣音亢进但排便不畅的表现。
夏季暑湿困脾时使用，可缓解暑热夹湿导致的头晕胸闷、肢体困重。高温环境下汗出不畅合并胃肠功能紊乱时，可能出现低热伴呕吐腹泻。药中半夏、厚朴等有燥湿和胃之效。
适用于异地旅行时因饮食改变引发的消化不良，如腹痛腹泻、食少纳呆等。环境变化导致肠道菌群失调时，白芷、茯苓等成分能调节胃肠功能，减轻排便异常症状。
对乘车船时前庭功能紊乱伴发的恶心呕吐有缓解作用。药物中的生姜、大枣可和胃止呕，改善运动病引发的胃肠应激反应，但对晕动病本身无治疗作用。
使用期间应忌食生冷油腻食物，风寒感冒发热严重或腹泻持续超过2天者需就医。服药后可能出现轻微嗜睡，驾驶车辆或高空作业前慎用。胃肠型感冒期间建议选择清淡易消化的米粥、面条等食物，适量补充淡盐水预防脱水，避免剧烈运动加重症状。
