除痰止嗽丸主要用于治疗风热咳嗽、痰多咳喘等病症，常见于急慢性支气管炎、上呼吸道感染等疾病引发的咳嗽痰多症状。该中成药具有清热化痰、止咳平喘的功效，主要适用于痰热壅肺导致的咳嗽、咯痰黏稠或黄痰等症状。
除痰止嗽丸对急慢性支气管炎引起的咳嗽痰多具有缓解作用。这类患者多表现为咳嗽反复发作、痰液黏稠难以咳出，可能伴有胸闷气促。除痰止嗽丸中的桔梗、苦杏仁等成分能稀释痰液，浙贝母、瓜蒌皮可清热化痰。用药期间需观察痰液性状变化，若出现痰中带血或呼吸困难应及时就医。
病毒或细菌性上呼吸道感染后期出现的痰热咳嗽适合使用该药。患者常见咽喉肿痛后转为咳嗽，痰黄黏稠，伴有口干舌燥。该药中的黄芩、桑白皮能清肺泄热，配合陈皮理气化痰。需注意与感冒初期风寒咳嗽鉴别，风寒咳嗽痰白清稀者不宜使用。
细菌性肺炎经抗生素治疗后的残余咳嗽症状可辅助使用。此时虽有痰热未清表现，但需在医生指导下配合使用，不可替代抗菌治疗。患者多见低热不退、痰少而黏，该药中麦冬、天花粉等成分可润肺生津。
轻症支气管扩张的痰热咳嗽可短期对症使用。患者晨起咳大量脓痰，该药能帮助痰液排出。但需注意支气管扩张容易合并感染，若痰量突然增多或出现发热，应联合抗生素治疗。长期使用者需定期复查肝肾功能。
慢性阻塞性肺疾病急性加重期的痰热证可配合西医治疗使用。患者常见咳嗽加重、痰黄稠伴喘息，该药有助于改善排痰困难。但重度肺功能损害者需慎用，避免痰液稀释后无力咳出导致窒息。用药期间需监测血氧饱和度。
使用除痰止嗽丸期间应忌食辛辣油腻，保持空气流通湿润。服药3天后若无缓解，或出现高热、咯血、呼吸急促等症状应立即停用并就诊。慢性呼吸道疾病患者需定期复诊调整用药方案，不可长期自行服用。儿童、孕妇及哺乳期妇女使用前需咨询中医师，过敏体质者应注意观察不良反应。
