藿香正气合剂可用于治疗外感风寒、内伤湿滞引起的胃肠型感冒及中暑，主要有头晕头痛、恶心呕吐、腹胀腹泻、身体困重等症状。
1、胃肠型感冒
胃肠型感冒主要由外感风寒与湿邪困脾共同导致，常见腹痛腹泻、呕吐反酸、低热乏力等症状。胃肠不适期间建议选用藿香正气合剂搭配口服补液盐散，不宜与消炎药同时使用。胃肠型感冒患者常伴随肠鸣音亢进，可配合热敷缓解痉挛。
2、暑湿感冒
夏季暑湿侵袭引发的感冒多表现为头晕恶心、胸闷气短、舌苔白腻。此时使用藿香正气合剂能解表化湿，但不宜用于高热超过38.5摄氏度的暑热证。服药期间须避免食用生冷瓜果，糖尿病患者应注意合剂中含蔗糖成分。
3、水土不服
异地饮食与环境变化导致的腹泻腹胀，属于中医湿浊中阻证候。藿香正气合剂中的苍术、茯苓等成分可调节胃肠蠕动功能，建议出行前预备该药。若出现黏液血便或持续发热，可能与细菌性痢疾有关，须及时就医。
4、空调病
长期处于低温环境引发的头痛身痛、食欲减退，可选用藿香正气合剂祛除体内寒湿。使用时可配合生姜红糖水增强发汗解表效果，但高血压患者需监测血压变化。空调温度建议保持在26摄氏度以上以预防症状复发。
5、功能性消化不良
非器质性病变的餐后饱胀、嗳气等症状，属中医脾虚湿困证型。藿香正气合剂中的陈皮、厚朴能促进胃排空，但胃溃疡患者禁用。建议用餐时细嚼慢咽，饭后适度散步帮助消化，必要时可联合多潘立酮片使用。
使用藿香正气合剂期间忌食生冷油腻，服药3天后未缓解应停用就医。胃肠疾病发作期宜选择粥类等清淡饮食，每日饮水不低于1500毫升。出现严重脱水症状时，需静脉补液纠正电解质紊乱。慢性病患者用药前应咨询医师，避免与降糖药、抗凝药发生相互作用。储存时需避开高温潮湿环境，开封后建议冷藏并在1个月内用完。
