藿香正气丸具有解表化湿和理气和中的功效，但也可能引起恶心呕吐或皮肤过敏等不良反应。
藿香正气丸中的藿香和紫苏可发散风寒，白芷协助解表，适用于外感风寒或内伤湿滞引发的头痛昏重。其所含的苍术与厚朴能燥湿健脾，针对胃肠型感冒出现的上腹胀满有缓解作用。
陈皮与大腹皮能行气导滞，茯苓白术健脾利湿，可改善湿阻中焦导致的脘腹胀痛。对夏秋季节饮食不慎引起的腹泻、呕吐等胃肠功能紊乱具有调节作用。
部分患者服药后可能出现轻度胃肠反应，与方中辛温药材刺激胃黏膜有关。症状较轻时可改为饭后服用，持续不适需停药。儿童及孕产妇需谨慎使用。
个别对药物成分敏感者可能发生皮疹瘙痒等过敏反应，与方中藿香、白芷等挥发性成分相关。用药期间应观察皮肤变化，出现荨麻疹或血管性水肿需立即就医。
风热感冒伴高热者禁用，可能加重症状。服药期间忌食生冷油腻食物，避免影响药效。慢性肝炎患者需在医师指导下使用，防止药物代谢加重肝脏负担。
使用藿香正气丸需辨证施治，外感暑湿或胃肠型感冒初期症状适用。服药期间出现严重不良反应应立即停用并就医。湿热体质者不宜长期服用，症状缓解后即可停药。日常注意饮食清淡，避免暴饮暴食诱发胃肠不适。
