芦笋菠萝蛋白酶胶囊的禁忌主要包括对成分过敏者、活动性出血患者及孕妇等特殊人群禁用，具体需遵医嘱评估个体风险。
芦笋菠萝蛋白酶胶囊含有植物提取成分，对芦笋或菠萝蛋白酶过敏者可能引发皮疹、喉头水肿等过敏反应，既往有严重过敏史者应禁用。存在消化道溃疡、近期接受外科手术或外伤的患者因该药可能抑制血小板聚集而增加出血风险，需避免使用。妊娠期女性缺乏安全性数据，其蛋白酶活性可能影响胚胎发育，不建议服用。严重肝肾功能不全者代谢能力下降，可能导致药物蓄积中毒，须由医生权衡利弊。糖尿病患者需警惕该药辅料中糖分对血糖的影响，长期服用者应定期监测凝血功能。
用药期间需避免与抗凝药华法林、抗血小板药阿司匹林联合使用以防出血，服药后出现恶心、腹泻等症状应停药就诊。日常饮食中减少辛辣刺激食物摄入，过敏体质者初次服用可先测试皮肤反应。该药作为辅助治疗手段不能替代常规药物，使用前务必提供完整病史并由专业医师指导，存放时注意避光防潮以确保稳定性。
