眼药水在规范使用下通常对眼睛无害，但滥用或误用可能引发干眼症、角膜损伤、青光眼加重或药物性结膜炎等问题。
长期频繁使用含防腐剂的眼药水可能导致泪膜稳定性下降，引起眼部干涩、异物感及烧灼感，此时应停用并改用不含防腐剂的人工泪液制剂如玻璃酸钠滴眼液、羧甲基纤维素钠滴眼液或聚乙烯醇滴眼液进行缓解。部分患者因自行购买含激素成分的眼药水长期使用，可能诱发眼压升高甚至继发性青光眼，表现为视力模糊、眼胀头痛，需立即就医并使用布林佐胺滴眼液、马来酸噻摩洛尔滴眼液等降眼压药物干预。若将抗生素类眼药水如左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液或红霉素眼膏用于非细菌性感染，不仅无效还可能破坏眼表微生态平衡，导致耐药菌滋生或真菌性角膜炎，出现畏光流泪、分泌物增多等症状，必须经医生确诊后调整用药方案。某些收缩血管型眼药水如萘甲唑啉滴眼液虽能快速消除红血丝，但停药后易产生反跳性充血，使结膜血管扩张更严重，形成依赖循环，建议仅短期应急使用。特殊人群如佩戴隐形眼镜者若未选择专用润眼产品，普通眼药水中的成分可能吸附于镜片表面造成角膜缺氧，引发点状角膜炎，表现为视物朦胧、刺痛不适，须选用标明“可戴镜使用”的聚乙二醇滴眼液或羟丙甲纤维素滴眼液。
日常使用眼药水前应洗净双手，避免瓶口接触眼睑或睫毛以防污染，开封后超过一个月即使未用完也应丢弃，储存时注意避光冷藏；出现持续眼红、疼痛、视力下降等情况不可自行加量或换药，应及时前往眼科就诊明确病因，在专业指导下选择合适类型与疗程，同时保持规律作息减少电子屏幕使用时间，增加户外活动频率以促进泪液自然分泌，饮食中多摄入富含维生素A和叶黄素的食物如胡萝卜、菠菜、蓝莓等有助于维护眼表健康。
