口腔溃疡没有绝对“最好”的药，选择哪种药主要取决于溃疡的类型、严重程度以及伴随症状，通常建议优先使用局部治疗药物，如西瓜霜喷剂、重组人表皮生长因子凝胶、西地碘含片、冰硼散、复方苯佐卡因凝胶等。
对于偶发的、面积较小的口腔溃疡，一般属于复发性阿弗他溃疡的轻型，此时使用局部药物效果较好。西瓜霜喷剂具有清热解毒、消肿止痛的作用，能缓解局部疼痛并促进愈合。重组人表皮生长因子凝胶能直接刺激黏膜上皮细胞生长，加速溃疡面修复，适合疼痛明显或愈合缓慢的情况。西地碘含片在口腔中缓慢释放碘分子，能杀灭局部细菌和病毒，适用于伴有轻度感染、溃疡表面有黄白色假膜的情况。冰硼散由冰片、硼砂等成分组成，有清热止痛的功效，对于红肿明显的溃疡能较快减轻灼痛感。复方苯佐卡因凝胶含有局部麻醉成分，能迅速麻痹溃疡周围的神经末梢，在进食前使用可显著减轻疼痛，适合疼痛剧烈影响进食的患者。
对于反复发作、溃疡数量多或面积大、伴有发热或淋巴结肿大的严重情况，如白塞病或创伤性溃疡继发感染，局部用药效果可能有限，此时需要就医，医生可能会根据病因使用口服药物，如左旋咪唑片调节免疫、维生素B2片改善营养缺乏、醋酸泼尼松片控制严重炎症等，但这些药物必须在明确诊断后遵医嘱使用，不可自行服用。日常应注意保持口腔清洁，避免辛辣、过烫、过硬的食物刺激溃疡面，保证充足睡眠和均衡营养，适当补充复合维生素B和维生素C，有助于减少溃疡复发并加速愈合。
