牛黄上清丸对风热上攻、热毒内盛所致的头痛眩晕、目赤耳鸣等症状具有一定缓解效果，其疗效主要与成分中牛黄、黄连等清热泻火药物的协同作用有关。
牛黄上清丸含有人工牛黄与黄芩苷等成分，能抑制炎症介质的释放，有助于改善牙龈肿痛、咽喉红肿等实热证表现。对于急性咽炎、口腔溃疡等疾病引发的局部充血症状，该药可通过降低毛细血管通透性减轻肿胀。
方中栀子与大黄配伍可刺激肠道蠕动，对心胃火旺导致的便秘结燥有效。部分患者在服用后可能出现轻度腹泻，这与大黄中蒽醌类成分的导泻作用相关，通常随剂量调整可缓解。
冰片与薄荷脑成分可通过调节神经递质减轻头痛症状，对风热型偏头痛的钝痛感有缓解作用。但需注意该效果针对功能性头痛，器质性病变引起的疼痛需进一步排查。
体外实验显示黄连素对金黄色葡萄球菌等革兰氏阳性菌有抑制作用，可能辅助改善由细菌感染引发的口舌生疮。但临床抗感染治疗仍需结合抗生素等特异性药物。
部分研究发现牛黄蛋白多糖可调节淋巴细胞活性，对反复发作的口腔黏膜炎可能有一定预防作用。但该效果尚未形成明确循证医学证据，不建议单独用于免疫性疾病治疗。
服用期间应忌食辛辣油腻食物，保持良好的口腔卫生习惯。体质虚寒或长期腹泻者慎用，妊娠期妇女禁用。若用药3天后症状无改善，或出现皮疹、心悸等不良反应，应立即停用并就医。治疗期间建议监测血压及肝肾功能，避免与强心苷类药物联用。
