目前没有一种避孕药可以被定义为副作用最小，不同避孕药副作用差异较大，选择主要取决于个体对激素的耐受性、健康状况及避孕需求。
复方短效口服避孕药与单纯孕激素避孕药在副作用谱上各有特点。复方短效口服避孕药含有雌激素和孕激素，其常见副作用包括可能引起恶心、乳房胀痛、情绪波动以及突破性出血，这些反应通常在服药初期出现，身体适应后可能减轻或消失。单纯孕激素避孕药，如迷你避孕丸、皮下埋植剂或长效避孕针，不含雌激素，因此避免了雌激素相关的血栓风险，但其更易导致不规则阴道出血、点滴出血或闭经，对部分使用者可能影响月经模式的规律性。两类药物均可能对体重、性欲及皮肤状况产生不同方向的影响，且存在极少数严重不良反应的风险，如血栓形成或肝功能异常。
选择副作用相对较小的避孕药，关键在于个体化评估。对于有血栓高危因素、偏头痛、吸烟或年龄超过35岁的女性，单纯孕激素避孕药通常是更安全的选择。而对于希望规律月经、改善痤疮或经前期综合征症状的健康年轻女性，某些低剂量的复方短效口服避孕药可能更为合适。最终选择需由医生全面评估，综合考虑使用者的年龄、血压、血脂、个人及家族病史、吸烟状况以及对副作用的个人偏好后做出决定，切勿自行购买服用。
无论选择何种避孕药，开始服用后都应关注身体变化，定期进行血压、肝肾功能等健康检查。保持健康的生活方式，如均衡饮食、规律运动、控制体重和避免吸烟，有助于提升整体健康水平并可能减轻某些药物副作用。若出现严重头痛、胸痛、腿部肿痛、视力模糊或严重腹痛等异常症状，应立即停药并就医咨询。
