六君子丸不适合脾胃湿热证、阴虚内热证及对药物成分过敏的人群服用。该中成药主要用于脾胃虚弱引起的食少便溏、气短咳嗽等症状，但特定体质或病症患者需禁用或慎用。
脾胃湿热证患者表现为舌苔黄腻、口干口苦、脘腹胀满，服用六君子丸可能加重湿热症状。这类人群需先清热化湿，待湿热消退后再考虑调理脾胃。
阴虚内热证患者常见手足心热、夜间盗汗、舌红少苔，六君子丸中的人参、白术等温补药材可能助热伤阴。此类体质建议选用养阴清热类中药如麦味地黄丸。
对药物成分过敏者禁用，六君子丸含半夏等可能引起过敏反应的药材。过敏体质者初次服用应观察是否出现皮肤瘙痒、红肿等不良反应。
孕妇及哺乳期妇女需在中医师指导下使用。儿童、年老体弱者应调整剂量，避免过量服用导致腹胀等不适。正在服用其他药物的患者需注意配伍禁忌，如含乌头类中药可能产生毒性反应。
急性胃肠炎、消化道出血等急症患者不宜自行服用。若服药两周后症状未缓解，或出现恶心呕吐等新发症状，应立即停用并就医。
