凤仙花在传统医学中主要用于治疗风湿痹痛、跌打损伤、痈肿疮毒、蛇虫咬伤及女性闭经等病症。其种子和全草均可入药，但具体使用需严格遵医嘱。
凤仙花具有活血通络作用，传统上用于缓解风湿性关节炎引起的关节肿痛。其有效成分可能通过抑制炎症因子释放减轻症状，但现代医学更推荐使用非甾体抗炎药如双氯芬酸钠缓释片、塞来昔布胶囊等规范化治疗。
鲜品捣烂外敷可辅助改善软组织挫伤导致的淤血肿痛，其活血化瘀功效与所含黄酮类物质有关。严重外伤需及时就医，临床常用三七伤药片、跌打丸等中成药配合物理治疗。
凤仙花煎剂外洗对早期皮肤化脓性感染有一定抑制作用，与其含有的抗菌活性成分相关。但化脓性皮肤病应遵医嘱使用莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏等抗生素制剂。
民间常用鲜品汁液涂抹毒虫叮咬处，可能通过生物碱成分中和部分毒素。毒蛇咬伤属于急症，必须立即就医注射抗蛇毒血清，不可依赖民间疗法延误治疗。
凤仙花种子在中医理论中有破血消癥功效，曾用于气血瘀滞型闭经。现代妇科更推荐使用黄体酮胶囊、戊酸雌二醇片等激素类药物进行规范治疗。
使用凤仙花时需注意：其种子含促癌物质欧前胡内酯，孕妇及肝功能异常者禁用；外敷可能引起接触性皮炎，过敏体质慎用；传统用法缺乏现代药理学验证，治疗疾病应优先选择循证医学方案。日常可配合低脂高纤维饮食，避免辛辣刺激食物，适度运动增强体质，出现不适及时就诊。
