HPV抗病毒口服药没有绝对最好的药物，大多数情况下医生会推荐免疫调节剂，少数合并特定病变时需遵医嘱使用抗病毒药物。
多数HPV感染者的免疫系统可在1-2年内自行清除病毒，因此治疗重点在于提升免疫力而非直接抗病毒。临床常用的口服免疫调节剂包括胸腺肽肠溶片、转移因子口服液和匹多莫德口服液，这些药物通过调节T淋巴细胞功能来增强机体对HPV的清除能力。需要注意的是，HPV目前尚无特效口服抗病毒药，上述药物仅作为辅助手段，不能直接杀灭病毒。对于无症状的单纯HPV携带者，医生通常建议定期复查而不过度用药。
少数情况下，如合并尖锐湿疣、生殖器疣或宫颈上皮内瘤变时，可遵医嘱使用伐昔洛韦片或泛昔洛韦片，它们对疱疹病毒有效，但对HPV本身无直接抑制作用，主要用于预防或治疗尖锐湿疣复发时的合并疱疹感染。对于高危型HPV持续感染合并宫颈病变的患者，部分医生会尝试使用干扰素α口含片（如重组人干扰素α2b口含片），但干扰素全身疗效不确切，且可能引起流感样症状，需严格在医生指导下使用。无论选择哪种药物，都必须在医生评估病情后决定，不可自行购买服用。
HPV感染者在用药的同时，应注重健康生活方式以帮助免疫系统清除病毒：建议每天保持7-8小时充足睡眠，避免熬夜；饮食上多吃富含优质蛋白的食物如鸡蛋、鱼类，以及富含维生素C的蔬菜水果如西蓝花、猕猴桃；每周进行3-5次中等强度运动如快走或瑜伽；吸烟者应戒烟，因为吸烟会加重宫颈HPV持续感染的风险。定期进行宫颈癌筛查或HPVDNA检测，遵医嘱随访，绝大多数低危型HPV感染可自行转阴，高危型持续感染需医生评估是否需要阴道镜或物理治疗。
