泮托拉唑与雷贝拉唑的副作用风险因人而异，通常雷贝拉唑的胃肠道不良反应概率略低，但具体需根据患者个体情况判断。两种药物均可能引起头痛、腹泻等常见反应，但严重副作用均较罕见。
泮托拉唑作为质子泵抑制剂，主要通过抑制胃酸分泌治疗消化性溃疡等疾病。其常见副作用包括轻度头痛、腹泻或便秘，部分患者可能出现皮疹或转氨酶升高。长期使用需警惕低镁血症风险，尤其合并利尿剂使用时。老年患者更易出现骨质疏松相关不良反应，但整体耐受性良好。
雷贝拉唑因代谢途径差异，药物相互作用相对较少。其常见不良反应与泮托拉唑类似，但腹泻发生率稍低。特殊人群使用需注意可能出现的关节痛或荨麻疹，严重肝功能障碍者需调整剂量。临床数据显示其引起心悸的概率略高于泮托拉唑，但差异不显著。
使用质子泵抑制剂期间应定期监测肝功能与血镁水平，避免与氯吡格雷等抗血小板药物联用。建议短期按需用药，长期治疗需评估获益风险比。出现持续腹痛或黑便应立即就医，日常注意避免高脂饮食刺激胃酸分泌。
