小儿库欣综合征的预后与病因、治疗时机及并发症控制密切相关，多数患儿经规范治疗后症状可显著改善，但部分可能出现生长迟缓或代谢异常等长期影响。
小儿库欣综合征的病因决定预后差异。肾上腺皮质腺瘤患儿手术切除后通常预后良好，皮质醇水平可恢复正常。垂体微腺瘤引起的库欣病需经鼻手术或放疗，复发概率略高，需长期随访。异位促肾上腺皮质激素综合征预后较差，原发肿瘤的恶性程度直接影响生存率。治疗时机对预后至关重要，早期干预可减少骨质疏松、高血压等并发症。青春期前患儿可能出现不可逆的生长障碍，需持续监测身高发育。
部分患儿即使生化指标恢复正常，仍可能遗留代谢综合征或心血管风险。长期糖皮质激素过量会导致脂肪重新分布、胰岛素抵抗等问题，需持续管理。儿童认知功能可能受影响，表现为记忆力或注意力下降。治疗后下丘脑-垂体-肾上腺轴功能恢复需数月，期间可能出现肾上腺皮质功能不全。少数双侧肾上腺增生患儿可能需终身激素替代治疗。
患儿需定期监测血压、血糖和骨密度，保持低盐高蛋白饮食，避免剧烈运动以防骨折。心理支持对改善身体形象焦虑很重要，家长应记录生长曲线并观察行为变化。随访时需检查晨起皮质醇和促肾上腺皮质激素水平，警惕复发迹象。疫苗接种应按计划完成，感染期间需调整激素用量。夜间充足睡眠有助于下丘脑-垂体轴功能恢复，必要时可进行生长激素评估。
