卵巢囊肿的治疗需视具体情况而定，生理性囊肿通常无须特殊处理或仅需药物观察，病理性囊肿或有并发症时则可能需要手术治疗。
生理性囊肿如滤泡囊肿或黄体囊肿，多数能自行吸收，其优点在于无须侵入性操作，对身体创伤小，且通过定期复查即可监控变化，部分情况下遵医嘱短期使用口服避孕药有助于抑制排卵、防止新囊肿形成；而病理性囊肿如子宫内膜异位囊肿或畸胎瘤，若体积较大、持续存在或引起疼痛、扭转等急腹症，手术治疗的优点在于能直接切除病灶，明确病理性质，解除压迫症状，并有效预防恶变或复发，特别是对于有生育需求且囊肿影响卵巢功能的患者，微创手术可尽可能保留正常卵巢组织。
药物治疗的局限性在于无法消除已经形成的较大实体肿瘤，对非功能性囊肿效果有限，且长期用药可能带来肝肾负担或内分泌紊乱等副作用，若囊肿发生蒂扭转或破裂，单纯药物无法解决急症；手术治疗的缺点在于属于有创操作，存在麻醉风险、术后感染、出血及粘连等并发症概率，且可能对卵巢储备功能造成一定程度的损伤，尤其是多次手术或剥离范围过大时，可能影响未来的生育能力，术后仍需面对囊肿复发的可能性。
建议患者保持规律作息，避免剧烈运动以防囊肿扭转，饮食上减少高激素食物摄入，定期进行妇科超声检查监测囊肿变化，一旦出现剧烈腹痛、发热等异常症状须立即就医，由专业医生评估后制定个体化的观察、药物或手术方案。
