加味藿香正气丸具有解表化湿、理气和中的作用，主要用于治疗外感风寒、内伤湿滞或夏伤暑湿引起的感冒、胃肠型感冒以及功能性消化不良等病症。
加味藿香正气丸中的广藿香、紫苏叶等成分能发散风寒，白芷可增强解表效果；苍术、厚朴则帮助燥湿健脾。适用于暑湿季节出现的恶寒发热、头痛胸闷等症状，对胃肠型感冒伴随的周身酸困尤为有效。需注意风寒感冒初期使用效果更佳。
陈皮、半夏等药材可化痰降逆，大腹皮能行气导滞，共同缓解湿阻中焦导致的脘腹胀满、恶心呕吐。对于功能性消化不良出现的食欲减退、嗳气反酸等症状，配合饮食清淡能显著改善胃肠蠕动功能。
该药对夏季饮食不洁或生冷食物刺激引发的腹泻、肠鸣有调节作用，茯苓、甘草可健脾渗湿，减轻水样便症状。但细菌性痢疾或感染性腹泻患者须结合抗生素治疗，不可单独依赖本品。
针对夏季暑湿秽浊之气引起的身热烦渴、头昏重如裹等症状，广藿香配合佩兰成分能芳香化浊。高温作业人群可作预防性使用，但中暑高热患者应及时采取物理降温等急救措施。
方中白芷、紫苏的辛温特性可缓解湿邪阻滞经络引发的肌肉关节酸痛，对暑湿型感冒伴随的肢体沉重感有一定改善作用。但严重风湿病患者需联合专科药物治疗。
使用加味藿香正气丸期间应忌食生冷油腻，避免加重湿滞症状。外感风热（表现为咽痛、黄痰）或阴虚火旺者禁用。慢性病患者及孕妇用药前需咨询中医师，服药3天后症状无缓解或出现皮疹等不良反应时应停药就医。日常可配合薏苡仁粥等健脾食物增强疗效，梅雨季节注意保持居住环境干燥通风。
