藿香正气丸具有解表化湿、理气和中的功效，主要用于外感风寒、内伤湿滞或夏伤暑湿所致的感冒。适用人群包括胃肠型感冒患者、湿邪困脾导致的食欲不振者以及暑湿季节出现的头晕恶心者。
藿香正气丸对胃肠型感冒引起的腹胀呕吐效果显著。该类型感冒常因饮食不洁或感受湿邪导致胃肠功能紊乱，症状表现为上腹闷胀、恶心欲呕、腹泻如水样便。药方中的苍术、厚朴能健脾燥湿，陈皮、半夏可和胃降逆。典型应用场景包括夏季贪凉饮冷后出现的胃肠不适，或淋雨受凉伴随的消化系统症状。需注意与病毒性胃肠炎鉴别，后者常伴随发热和肌肉酸痛。
长期处于潮湿环境或脾虚湿盛人群适用藿香正气丸。这类患者常见舌苔白腻、口淡乏味、肢体困重等湿浊中阻表现，多因脾胃运化水湿功能失调所致。方中茯苓、白术能增强脾脏运化功能，大腹皮可利水消肿。特别适合江南梅雨季节或沿海地区居民调理体质，但对于阴虚内热出现的口干舌燥者不宜使用。
夏季高温高湿环境引发的中暑前兆可选用藿香正气丸。该药所含广藿香油能兴奋中枢神经系统，改善暑湿导致的头昏脑胀，白芷具有明显的镇痛效果。常见于户外工作者或空调房频繁进出者出现的头晕头痛伴恶心症状，与单纯脱水性头晕的区别在于本病有明确湿邪致病特征。服用时建议配合绿豆汤等清暑饮品增强疗效。
异地旅行引发的消化适应障碍可用藿香正气丸调节。当机体因地域气候变迁导致胃肠功能暂时失调时，表现为食欲减退、大便溏泄但无感染特征。药中甘草、生姜能调和胃肠蠕动节律，紫苏叶可缓解地域适应性应激反应。此类情况多发生于北方人群前往南方湿热地区，或平原居民初到高原时出现的不适反应。
藿香正气丸对前庭功能障碍引起的运动病有效。其作用机制是通过调节自主神经功能，减轻内耳前庭刺激导致的恶心呕吐。适用于船运船员、长途汽车乘客等特殊人群，最佳服用时间为出行前30分钟。但对于梅尼埃病等内耳疾病引起的眩晕效果有限，且不宜与晕车药氯苯甲嗪同时使用。
使用藿香正气丸期间忌食生冷油腻，服药3天后未缓解应就诊。湿热体质患者可配合薏苡仁粥调理，空调环境工作者建议每日服用量不超过说明书推荐剂量。需要特别注意该药含乙醇辅料，驾驶员及酒精过敏者应选择无醇型制剂，合并高血压糖尿病患者须监测血糖血压变化。
