婴儿健脾散主要用于改善婴幼儿消化不良、食欲不振、腹泻等症状，具有健脾和胃、消食化积的作用。
婴儿健脾散含有山药、白术等成分，能促进胃液分泌，增强胃肠蠕动，帮助缓解因脾胃虚弱导致的腹胀、呕吐。适用于因喂养不当引起的胃肠功能紊乱，常见于奶粉冲调过浓或辅食添加过早的婴幼儿。
方中茯苓、薏苡仁等药材具有渗湿止泻功效，对非感染性腹泻如乳糖不耐受、食物过敏等有效。服药期间需观察大便性状变化，若出现水样便或血便应立即停用并就医。该药物不适用于轮状病毒等感染性腹泻。
通过鸡内金、陈皮等成分刺激消化酶分泌，可提升婴幼儿进食欲望。对于6个月以上添加辅食后出现的拒食现象效果明显，但需排除缺锌、贫血等病理因素。不建议连续使用超过一周未见改善者继续服药。
药物中的麦芽、神曲含有多种消化酶，能分解蛋白质和脂肪，促进营养不良患儿对营养物质的吸收。配合适度腹部按摩可增强效果，喂养时需保持环境安静减少干扰。早产儿使用前应咨询医师。
对于易发生积食内热的婴幼儿，规律服用可降低发热概率。山楂成分能消除停食滞气，但体温超过38.3摄氏度或伴随咳嗽流涕时，需警惕呼吸道感染而非单纯积食。
服用婴儿健脾散期间应保持清淡饮食，母乳喂养母亲需避免进食辛辣油腻食物。混合喂养者可将药物调入温水中服用，服药后半小时内不宜进食。注意观察排便次数和皮肤是否出现皮疹等过敏反应，连续使用不宜超过两周。若症状未缓解或出现拒奶、嗜睡等异常表现，应及时至儿科就诊评估是否存在肠套叠、乳蛋白过敏等疾病。
