滴眼药水的正确部位是结膜囊，即下眼睑与眼球之间的凹陷处。
将眼药水滴在结膜囊内，可让药液均匀分布在眼球表面并被有效吸收。首先洗净双手，头部后仰或平躺，用一只手轻轻向下拉开下眼睑，暴露出结膜囊，另一只手持药瓶，瓶口保持在距眼睛约2-3厘米处，避免接触睫毛或眼睑皮肤以防污染。将一滴药液滴入下眼睑与眼球之间的凹陷处（结膜囊），而不是直接滴在眼球正中央的角膜上。滴在角膜上会引发强烈的反射性闭眼，导致药液被挤出流失，并可能造成角膜刺激和损伤。滴入后轻轻闭眼1-2分钟，用手指轻按鼻根内侧的鼻泪管开口处，以减少药液通过鼻泪管流入鼻腔和咽喉，从而既增加眼部的吸收量，也减少药液带来的苦涩味或其他全身吸收的可能。使用后应立即旋紧瓶盖，并避免摇晃药瓶。若需使用多种眼药水，应间隔至少5-10分钟，防止后一种药物将前一种冲掉。不正确的滴药方式比如将药液直接滴在瞳孔上，不仅会因眨眼导致大部分药液溢出，使治疗效果大打折扣，还容易造成角膜上皮磨损。日常保存眼药水应该按照说明书要求存放于阴凉避光处，开封后通常使用不超过四周，超过期限需重新购买，使用前观察药液是否变色或出现浑浊絮状物，如有变则禁用。
正确滴眼药水需要养成良好卫生习惯，每次操作前务必用肥皂和流动水彻底清洁双手。使用中不要让瓶口接触任何物体或部位，包括手指、眼睛、眼睑，以防污染瓶内药液。眼药水为个人用品，不要与他人共用，避免交叉感染。戴隐形眼镜者滴眼药水前应先取下镜片，通常需要等待约15分钟后再重新戴上。若滴眼药水后出现持续性刺痛、视力模糊或眼部红肿加重，应暂停使用并携带药瓶尽快就医，由医生评估是否更换药物或调整治疗方案。同时注意检查眼药水的适应证和有效期，不含防腐剂的单剂量包装眼药水开封后应立即用完，不可留到下次使用。合理存放与规范操作，能让眼药水发挥最佳治疗作用，减少不适与并发症。
