发烧通常指发热。一般情况下，三个月宝宝发热39℃可能是环境因素、流行性感冒、幼儿急疹等原因引起的，可通过日常调理、药物治疗进行改善。具体分析如下：
1.环境因素：外界环境温度过高、衣服穿得过厚等，可能导致宝宝体温升高。平时，应避免让宝宝处于高温环境中，并适当减少衣物。
2.流行性感冒：宝宝抵抗力较弱，容易被流感病毒感染，引起高热、头痛、乏力、咳嗽等症状。建议在医生指导下服用对乙酰氨基酚颗粒、小儿感冒颗粒等药物进行治疗。
3.幼儿急疹：是婴幼儿常见的一种急性发热发疹性疾病，主要症状是高热，体温通常在39℃以上。建议遵照医嘱服用阿昔洛韦颗粒、利巴韦林颗粒等药物进行缓解。
除以上相对常见的原因外，还可能是其他原因导致的，例如小儿肺炎、急性胃肠炎。如果不适症状严重，建议及时前往医院就诊。
