长期饮用酸枣仁可能引起胃肠不适、低血压及药物相互作用等不良反应。酸枣仁的使用需根据体质和病情调整，过量或长期服用可能产生副作用。
酸枣仁含有多种生物活性成分，短期适量使用有助于改善睡眠质量。部分人群可能出现轻微腹胀或食欲减退，通常停止服用后症状可自行缓解。胃肠功能较弱者长期服用可能加重消化不良，出现腹泻或便秘交替的情况。酸枣仁具有镇静作用，与降压药物联用可能增强降压效果，导致头晕乏力等低血压症状。正在服用抗凝药物或镇静类药物者需警惕成分相互作用。
特殊体质人群长期服用可能出现过敏反应，如皮肤瘙痒或皮疹。酸枣仁中的皂苷类成分可能影响电解质平衡，肾功能不全者需谨慎使用。孕妇及哺乳期妇女缺乏安全性研究数据，建议避免长期大量服用。酸枣仁提取物可能干扰某些实验室检查结果，术前两周应停用。儿童青少年神经系统发育阶段，长期使用可能影响认知功能发育。
使用酸枣仁时应控制每日用量，连续服用不超过两周为宜。出现心慌气短等不适症状应立即停用，饮用期间避免同时摄入浓茶咖啡等刺激性饮品。建议在中医师指导下根据体质辩证使用，定期监测血压和肝肾功能。可配合百合茯苓等药食同源食材交替使用，减少单一药材的累积风险。保持规律作息和适度运动，建立健康的睡眠习惯比依赖药物更重要。
