补中益气丸的用途主要有治疗脾胃虚弱、中气下陷所致的泄泻、脱肛、阴挺、体倦乏力、食少腹胀、便溏久泻、肛门下坠、子宫脱垂、胃下垂、慢性腹泻、慢性结肠炎、崩漏带下以及气虚发热。
补中益气丸的核心功效是补益脾胃之气。脾胃虚弱是中医常见证型，多因饮食不节、劳累过度或久病耗伤所致，患者常表现为食欲不振、进食后腹胀、大便稀溏不成形、精神疲惫、少气懒言等症状。补中益气丸中的黄芪、党参、白术等成分能有效健脾益气，增强脾胃的运化功能，从而改善上述一系列因脾胃气虚引起的临床表现。
中气下陷是脾胃气虚的进一步发展，指脾气亏虚，升举无力，气机下陷。补中益气丸中的升麻、柴胡具有升阳举陷的作用，能协同主药提升下陷的中气。这一用途直接对应因中气下陷导致的内脏下垂，如胃下垂时出现的脘腹坠胀、食后加重；脱肛表现为肛门有重坠感，甚至直肠黏膜脱出；阴挺即子宫脱垂，患者自觉小腹下坠，阴道有肿物脱出。服用本品可帮助提升固托脏器。
体倦乏力是气虚的典型表现。由于脾胃为气血生化之源，脾胃气虚则气血生成不足，四肢百骸失于濡养，故见神疲乏力、少气懒言、动则气喘。补中益气丸通过补益中焦脾胃之气，促进气血化生，使气力得以恢复。对于因慢性疾病、术后、产后或长期劳累导致的气虚乏力，本品能起到较好的改善作用，帮助恢复体力与精力。
慢性腹泻多属中医“泄泻”范畴，因脾胃虚弱，运化水湿功能失常，清浊不分，并走大肠所致。患者表现为大便次数增多、粪质稀薄、病程迁延。补中益气丸能健脾益气，升清止泻。所谓“升清”，即提升脾胃的清阳之气，使水谷精微得以正常输布，而非下泄为泻。对于慢性结肠炎、肠易激综合征腹泻型等属于脾胃气虚型的慢性腹泻，本品有助于固涩肠道，减轻腹泻症状。
气虚发热是补中益气丸的一个特殊用途，又称为“甘温除热”。这种发热并非外感实热，而是由于脾胃气虚，中焦虚衰，阴火内生或虚阳外越所致，表现为发热、热度不高、时发时止、劳累后加重，常伴有自汗、畏风、口渴喜热饮、舌淡脉虚大无力等症状。补中益气丸通过甘温的药物补益中气，使气足而阳生，阴火自降，虚热得除，体现了中医“治病求本”的独特理论。
补中益气丸作为补益剂，适用于虚证，实证、热证者不宜使用。服用期间应注意饮食调理，避免食用生冷、油腻、不易消化的食物，以免加重脾胃负担。生活上应劳逸结合，避免过度劳累耗伤正气。服药两周后症状若无改善，或出现其他不适，应停止服药并咨询医师或药师。本品为非处方药，但建议在医师或药师指导下使用，尤其是用于治疗内脏下垂等较重情况时，应结合具体病情综合判断。对于高血压患者，以及感冒发热期间，应慎用或在医师指导下服用。
