肠功能紊乱通常可选用调节肠道菌群的药物、解痉药物和促动力药物三类。常见治疗药物包括双歧杆菌三联活菌制剂、匹维溴铵片和多潘立酮片，具体用药需结合症状类型由消化科医生指导。
调节肠道菌群的药物主要用于改善肠道微生态平衡。双歧杆菌三联活菌制剂含有长型双歧杆菌、嗜酸乳杆菌和粪肠球菌，能抑制致病菌过度繁殖。枯草杆菌二联活菌制剂通过消耗肠道内氧气促进厌氧菌生长，对腹泻型肠功能紊乱效果较好。
解痉药物适用于腹痛明显的患者。匹维溴铵片作为选择性胃肠钙离子拮抗剂，能缓解肠道平滑肌痉挛。马来酸曲美布汀通过调节内脏神经敏感性减轻腹痛，尤其适合餐后症状加重者。
促动力药物针对腹胀、排便不畅等症状。多潘立酮片通过阻断多巴胺受体增强胃十二指肠蠕动，枸橼酸莫沙必利可刺激肠肌间神经丛释放乙酰胆碱，改善全消化道动力。这类药物需注意可能引发心律失常等不良反应。
肠功能紊乱的药物治疗需配合生活方式调整。避免进食辛辣刺激食物，规律作息有助于肠道功能恢复。若症状持续超过两周或出现体重下降、便血等警示症状，应及时进行肠镜等进一步检查。
