紧急避孕药对人体的危害通常不大，主要风险体现在一次性高剂量激素可能引起的短期不适。虽然整体安全性较高，但仍建议将其作为补救措施，而非常规避孕手段。
在多数情况下，服用紧急避孕药后女性可能出现恶心、呕吐、头痛、头晕、乏力或乳房胀痛等类早孕反应。这些症状一般持续不超过24小时，通常可自行缓解，无需特殊处理。服药后约一周左右，部分人可能会经历撤退性出血，这是子宫内膜受激素波动影响脱落的正常现象，出血量通常较少，持续数天。月经周期也可能因此暂时被打乱，表现为经期提前、推迟或不规律，但多数情况下在后续1-2个周期内可恢复。如果服药后3周内出现类似月经的出血，应进行早孕检查以排除妊娠。
极少数情况下，如果短时间内重复使用或一年内服用超过三次，可能导致较显著的内分泌紊乱，如月经周期长期不规律、排卵异常，甚至增加宫外孕的风险。对于有肝功能不全、血栓性疾病史、偏头痛史或正在使用肝药酶诱导剂类药物的女性，副作用的概率和严重程度可能更高。如果服药后出现严重腹痛、单侧下腹痛、胸痛、呼吸困难或视力模糊等症状，需警惕宫外孕或血栓形成的可能，应立即就医。此外，如果服药后2小时内发生呕吐，可能需要补服一次，以确保避孕效果。
建议将紧急避孕药作为偶尔的补救措施，而非常规避孕方案。日常避孕应优先选择复方短效口服避孕药、避孕套或宫内节育器等更稳定的方法。服用紧急避孕药后，为缓解不适，可适当增加饮水，清淡饮食，避免辛辣刺激食物，并保证充足休息。如果出现无明显诱因的腹痛或月经异常超过两周，建议及时前往妇科就诊，进行超声或激素水平检查，以确保生殖系统健康。
