问题分析：甲流发烧39度的治疗方法，包括对因治疗以及对症治疗。
1.对因治疗：甲流是甲型流感病毒诱发的，最常见的是H1N1亚型和H3N2亚型，所以需要进行抗病毒治疗，比较常用的药物就是奥司他韦、扎那米韦等；如果合并细菌感染，需要接受抗感染治疗，比如头孢类抗生素，头孢他啶等。
2.对症治疗：针对发热39度，需要在医生指导下服用退热药物治疗，比如布洛芬以及对乙酰氨基酚等；辅以物理治疗，在额头、手腕、小腿上各放一湿冷毛巾进行物理降温。
甲流患者应及时前往医院就诊，在医生指导下，完善相关检查，明确病情，予以系统正规的治疗。
