一般情况下，药流排出孕囊后隔一天上厕所肚子疼，可能是子宫内膜没有完全恢复引起的，可以通过药物治疗帮助恢复。具体分析如下：
药物流产在孕囊排出以后，如果子宫已经完全恢复正常，一般不会再出现宫缩，就不会再出现疼痛。但是短期之内还是可能出现疼痛，因为子宫内膜没有完全恢复正常，患者可以在医生的指导下使用、新生化片等药物，促进子宫收缩，帮助子宫复旧。如果孕囊排出很久以后，还是有持续腹痛症状，甚至阴道有异常分泌物，就要考虑是不是药物流产不全，这种情况就需要前往医院复查彩超，检查一下有无宫腔残留，必要时可能需要行刮宫。
