一般情况下，清宫后两周一直有褐色分泌物，可能是宫腔残留、排卵期出血、宫内感染等因素引起的。具体分析如下：
1.宫腔残留：清宫后两周一直有褐色分泌物，可能是人工流产不全，存在宫内残留的情况。患者可在医生的指导下使用益母草颗粒、产后逐瘀颗粒等药物进行治疗。若效果不明显，建议做超声检查，如有必要，需在医生的指导下再次清宫。
2.排卵期出血：清宫两周后恢复排卵期出血，也会出现有褐色分泌物的症状。这属于正常现象，一般无需治疗。
3.宫内感染：清宫后两周一直有褐色分泌物，可能是宫内感染引起的，还伴有腹部有压痛、发热等症状。患者可在医生的指导下使用头孢呋辛颗粒、甲硝唑片等药物进行治疗。平时注意清淡饮食，多吃蔬菜水果，有助于缓解症状。
除以上相对常见原因外，还有其他的可能性疾病，比如子宫收缩不良。
