一般情况下，连续三年HPV31阳性可以通过药物治疗、物理治疗、手术治疗等方式进行治疗，有利于疾病恢复，具体分析如下：
1.药物治疗：HPV31型是一种高危型的人乳头瘤病毒，一般在一年左右会自愈，患者连续三年HPV31阳性应该及时在医生指导下采取药物进行治疗，常用的药物有、转移因子胶囊、胸腺肽肠溶片等，有利于疾病恢复。
功能主治：行气破瘀，生肌止痛。用于湿热瘀滞所致的带下病，症见带下量多、色黄、时有阴部瘙痒；霉菌性阴道炎见上述证候者。
用法用量：洗净外阴部，将栓剂塞入阴道深部。每晚1粒
2.物理治疗：患者HPV31阳性还可以在医生指导下采用物理手段进行治疗，如电灼疗法、冷冻疗法、激光疗法等，通常治疗效果比较好。
3.手术治疗：如果患者HPV31阳性造成了宫颈病变，需要及时在医生指导下通过宫颈锥切术切除，以免加重病情，不利于身体健康。
除以上常见治疗方式外，患者还要注意日常管理，注意休息，不要熬夜，注意多进食高蛋白的饮食。
