一般情况下，停经36天后，有少量的褐色分泌物，这可能是月经不调、异位妊娠引起的，具体分析如下：
1.月经不调：月经不调主要包括经期延长、经期缩短、周期延长、周期缩短、经量增多、经量减少等。如果患者没有性生活史，在停经36天后有淡褐色的分泌物，考虑是月经不调。患者可以在医生的指导下使用七制香附丸、等药物治疗。
2.异位妊娠：如果患者有性生活史，在停经的36天后分泌了少量深褐色的分泌物，建议需要在医生操作下做B型超声波检查，明确是否怀孕，如果子宫内没有孕囊，附件区有无回声包块或者类似孕囊样组织，如果确诊为异位妊娠。患者需要在医生的建议下进行手术治疗，比如开腹手术、腹腔镜手术等。
