一般情况下，婴儿拉肚子若病情比较轻微，没有明确使用抗生素的指征，不建议优先使用消炎药，可适当服用益生菌进行调理。当病情迟迟不得缓解时，需在医生指导下服用头孢类以及青霉素类消炎药，比如头孢克肟、阿莫西林等，其相对其他消炎药更加安全。头孢克肟，作为第三代头孢，对人体肾脏几乎无毒，在临床上对于6个月以上儿童的安全性和有效性较为确切；阿莫西林，主要是通过抑制细菌细胞壁合成而发挥杀菌作用，副作用比较小，相对于其他类抗生素来说安全性较高，副作用小，所以通常作为婴儿拉肚子的首选消炎药。
而对于其他常见的消炎药，如四环素类，具有较大耐药性与较多副作用，如胃肠道反应恶心、呕吐、上腹不适等，还可能对骨骼生长产生影响，具有抑制婴儿骨骼发育的风险。如氨基糖苷类，具有一定耳毒性、肾毒性等危害，可能导致前庭功能障碍、耳蜗听神经损伤，或引起肾小管肿胀，因而亦不适合婴儿服用。
除此之外，婴儿拉肚子时除了正确服用消炎药，同时建议适当口服补液盐等，或配合服用蒙脱石散等肠道黏膜保护剂进行治疗。
