治疗真菌感染的药物选择需根据感染类型和严重程度决定，常用抗真菌药物包括唑类、多烯类、烯丙胺类等。
唑类药物如氟康唑、伊曲康唑、酮康唑等通过抑制真菌细胞膜合成发挥广谱抗菌作用，适用于念珠菌、隐球菌等常见感染。多烯类代表药物两性霉素B对深部真菌感染效果显著，但需注意其肾毒性。烯丙胺类药物特比萘芬对皮肤癣菌感染效果突出，尤其适用于甲真菌病。棘白菌素类如卡泊芬净对侵袭性曲霉病和念珠菌血症有较好疗效。
浅表真菌感染可选用外用唑类乳膏或溶液，持续使用2-4周。系统性感染需口服或静脉给药，疗程从数周至数月不等。特殊人群如肝肾功能不全者需调整剂量，妊娠期避免使用唑类药物。治疗期间应定期监测肝功能，避免与某些降压药、抗凝药联用。保持感染部位清洁干燥，穿透气衣物，避免共用个人物品。均衡饮食增强免疫力，适量补充维生素B族和锌元素有助于皮肤修复。
