巨结肠是否需要手术取决于病情严重程度和类型，部分轻度病例可通过保守治疗控制症状，但多数先天性巨结肠需手术治疗。
先天性巨结肠是婴幼儿常见消化道畸形，由于肠壁神经节细胞缺失导致肠管持续痉挛。对于短段型或超短段型病变，可尝试每日扩肛配合生理盐水灌肠，使用乳果糖等缓泻剂帮助排便，同时采用低渣饮食减少肠道负担。部分患儿通过规律排便训练和胃肠动力药物如多潘立酮，可能延缓手术时间。
长段型或全结肠型巨结肠通常需要手术干预，未及时治疗可能导致反复肠梗阻、小肠结肠炎等并发症。合并严重腹胀、呕吐或生长发育迟缓时，手术是唯一根治方式。常见术式包括经肛门巨结肠根治术和腹腔镜辅助手术，术后需持续进行肛门功能锻炼。
成人获得性巨结肠多由慢性便秘或神经系统疾病引发，可先尝试调整膳食纤维摄入量、使用渗透性泻药如聚乙二醇电解质散。若出现肠管扩张超过6厘米或并发肠穿孔，则必须手术切除病变肠段。无论采取何种治疗方式，均需定期复查腹部平片评估肠管状态，术后需注意预防肛门狭窄和排便失禁。
