小肠镜和胶囊内镜的准确性需根据检查目的和患者情况选择，小肠镜在组织活检和治疗操作上更精准，胶囊内镜对全小肠黏膜观察更具优势。
小肠镜通过内镜直接进入小肠，可实时观察黏膜病变并进行活检或止血等操作，对可疑病灶的定位和病理诊断准确率较高，尤其适用于已知出血点或肿瘤的精细检查。但受操作技术限制，可能存在视野盲区，且需麻醉配合。胶囊内镜则依靠微型摄像头无创拍摄全小肠图像，对隐匿性出血、克罗恩病等弥漫性病变的筛查敏感性较好，能覆盖传统内镜难以到达的小肠中段，但无法主动控制拍摄角度或进行组织取样，偶见胶囊滞留风险。
两种技术各有侧重：小肠镜适合需介入治疗的明确病变，如血管畸形电凝或狭窄扩张；胶囊内镜更适合病因筛查或监测疾病范围。对于复杂病例，临床常建议联合使用以提高诊断率。检查前需评估患者肠道准备情况、是否存在梗阻风险及麻醉耐受性等因素综合选择。
建议患者在医生指导下根据具体病情选择检查方式，检查前严格遵循禁食和肠道清洁要求，术后注意观察有无腹痛、出血等异常反应。长期小肠疾病患者可结合两种技术优势定期复查，日常饮食避免粗糙刺激性食物，保持规律作息以降低肠道炎症风险。
