胃肠功能紊乱可以使用颠茄片、多潘立酮、乳果糖、蒙脱石散、乳酶生等药物治疗，肠胃功能紊乱在治疗上以药物治疗为主，但是在选择药物时需要根据不同的症状选择不同的药物，部分患者在发作时以肠胃部位剧烈疼痛为主要症状，需要使用解痉、止痛的药物，比如阿托品、颠茄片可以解除平滑肌痉挛以缓解疼痛。出现消化不良症状可以使用促进肠胃动力的药物进行改善，比如多潘立酮可以协调胃肠的运动，减少食物在胃内存留的时间。部分患者在病情发作时会出现便秘可以使用导泻类药物治疗，比如乳果糖不仅能保留结肠的水分，还可以调节肠胃的生物节奏，因此能够缓解习惯性便秘和顽固性便秘。出现腹泻的患者可以使用蒙脱石散进行止泻治疗，蒙脱石散不仅止泻效果好，同时不会进入到血液循环中，对人体的副作用少，出现食物消化不良的患者可以在平时适当补充乳酶生以促进胃内食物的消化。
