柴胡含有槲皮素，是五羟基黄酮，分子结构中含有多酚羟基和五羟基-OH、4-酮基结构，与含各种金属离子的西药，如铝、钙、亚铁、锌、铋、镁等制剂一起服用，可以形成金属离子络合物，从而影响肠道吸收，降低疗效，故忌同服。与柴胡制剂同用的维生素C，可将柴胡所含的皂苷分解成苷元和糖，影响疗效。
柴胡清气薄，升散干燥，真阴亏损、肝阳上亢、舌糜烂者不宜长期服用；柴胡能降低血压和心率，因此低血压和心功能不全的患者不宜大量或长期使用该制剂；柴胡能提高血糖，糖尿病患者慎用。此外，肾上腺皮质亢进综合征、抑郁症患者、婴幼儿和老年人不宜长期服用。
