复杂性尿路感染的治疗效果与感染程度、基础疾病及治疗依从性密切相关。多数患者经过规范抗感染治疗可痊愈，但存在糖尿病、尿路梗阻等基础疾病者可能需更长时间干预。
治疗需针对感染源和诱因双管齐下。抗生素选择需依据尿培养结果，常见敏感药物包括左氧氟沙星、头孢曲松、磷霉素氨丁三醇等。伴有尿路结石或前列腺增生者需同步处理梗阻因素，必要时采用输尿管支架置入或经尿道前列腺电切术。
细菌耐药性是治疗失败的主因。反复发作患者需完成至少2周疗程，并定期复查尿常规。留置导尿管者应评估导管必要性，每2周更换导管可降低生物膜形成风险。糖尿病患者需将糖化血红蛋白控制在7%以下。
预防复发需多维度管理。每日饮水1500-2000毫升形成机械冲洗，蔓越莓制剂可抑制大肠杆菌黏附。绝经后女性可短期使用雌激素阴道乳膏改善局部抵抗力。神经源性膀胱患者需制定规律间歇导尿计划。
治疗期间出现持续发热或腰痛需警惕肾盂肾炎，影像学检查可明确是否并发肾脓肿。特殊病原体感染如结核杆菌需转诊至专科医院。规范治疗下，80%患者可在1-2周内缓解症状，但3个月内复发率可达20%，长期随访不可或缺。
